A menekülni kényszerülő Kubo összeáll Majommal és Bogárral, és nekivág az izgalmas kalandnak, hogy megmentse családját, és megfejtse elesett apja rejtélyét, aki a világ legnagyobb szamurája volt. Varázserejű hangszere, a shamisen segítségével Kubónak istenekkel és szörnyekkel kell megvívnia, köztük a bosszúszomjas Hold Királlyal, és a gonosz lányikrekkel, hogy feltárja örökségének titkát, újra egyesítse családját és beteljesítse hősi végzetét.
